神経精神科の病棟では精神科指定病床を運用して診療にあたっています。病床は数は36床で、精神科病床では最も手厚い10対1看護を採用しています。入院形態としては、任意入院から応急入院まで、あらゆる入院に対応できます。また、公設大学としての地域貢献、そして特定機能病院としての高度医療の提供に努め、患者さんの負担を最小限にするために最良、かつ最短の入院治療に努めており、平均入院期間（在院日数）は40日以下です。そのために年間の入院患者数も多く、後期研修医や専門医専攻医は多数、かつ多様な患者さんを短期間に経験し、精神科専門医、あるいは精神保健指定医申請を最短期間で準備することができます。
入院治療は、外来診療から切れ目なく行われる他、高度救命救急センターをはじめとする院内各診療科から、積極的に精神症状を呈する患者さんの転棟をお引き受けしています。また、関連保健・医療機関からの入院依頼にも積極的に対応しています。その他、社会のニーズ、そして患者さんのニーズに応えるために、認知症パス入院と、発達障害パス入院を導入しています。
病棟医は、2グループ体制で診療にあたり、グループ・カンファレンスと診療科の全体カンファレンス、そして毎週実施される症例検討会において、患者さんに関する情報収集と共有、診断と治療方針の検討、地域ケア計画などについて看護師、臨床心理士、精神保健福祉士、作業療法士など多職種で話し合いが行われ、患者さん一人一人を多職種で支えるイメージを基本に多職種チーム医療を実践しています。